チーズブリッジの町では、夜な夜な現れては子供を襲って食べるという恐ろしいモンスター“ボックストロール”の噂が信じられていた。町の権力者であるポートレイ・ラインド卿は、悪徳害虫駆除業者のスナッチャーに駆除を依頼し、トロールたちは次々と捕えられていく。そんな人々に忌み嫌われるトロールたちと地下で楽しく暮らしていた人間の男の子エッグス。噂とは異なり、寝静まった夜の町でガラクタを集めては発明に勤しむ心優しいトロールたちであったが、エッグスの親代わりのフィッシュまでも捕獲されてしまい、救出のために地上に出たエッグスは初めて人間の社会を知ることに。大切な家族を取り戻すため、エッグスはラインド卿の娘の勝気な少女ウィニーと共にスナッチャー率いる駆除軍団に立ち向かっていく―。
