オレゴン州に引っ越したばかりの少女コラライン。両親は仕事ばかり、友達もいないし、毎日が退屈で最悪だ。そんなある日、コララインは新しい家に小さな扉を見つける。それは、驚くべき"もう一つの世界"への入口だった―。
扉の向こうでコララインが見つけたのは、心躍るサーカスや独創的なミュージカルのショー、花が溢れんばかりに咲き誇る美しい庭、そして優しくて、暖かくて、コララインをとても可愛がってくれる別の"両親だった。ただ一つだけ奇妙なのは、ママもパパも、目がボタン・・・。
「こっちの世界の方が、全然素敵!」今まで欲しくてたまらなかった世界を見つけたコララインは、すっかり扉の向こうの世界に心を奪われるが、元の世界に戻ってみると、家族は姿を消してしまっていた・・・。