ボディーガードや探偵を請け負う凄腕のスイーパー「シティーハンター」こと冴羽リョウ(山寺宏一)は、相棒の槇村香(沢城みゆき)と日々様々な仕事を受けている。ある日、掲示板に「XYZ」書かれた新しい依頼。その依頼人の男ドミニク・ルテリエ(土師孝也)からリョウと香は、仕事の話を聞く。それは、ルテリエの父が開発した<香を匂った者を虜にする「キューピッドの香水」>を悪の手から守ってほしい、という依頼だった。香水の効果を信用しないリョウは、香に香水を吹きかける。香が効果を試すため歩き出した瞬間、現場を爆風が襲う!リョウが一瞬の出来事に気をとられた隙に、「キューピッドの香水」はバイクに乗った男に奪われてしまう!!しかも、奪い去ったのは、リョウの旧友であり、元傭兵の海坊主(玄田哲章)だった……!?
香水が悪の手に渡ってしまったら世界は大変なことに!タイムリミットは48時間。リョウと香は、時間内に香水を取り戻すことができるのか――!?
こうして、香の虜になる帽子の男・パンチョ(浪川大輔)、セレブ好きの男・スキッピー(多田野曜平)、リョウと槇村秀幸(田中秀幸)の友人・美人刑事の冴子(一龍斎春水)を巻き込んだ、シティーハンターの香水奪回作戦がはじまる――――。