ヒーローとしてNY市民から受け入れられたスパイダーマン。ピーターは日々、スパイダーマンとして戦う自分、恋人のグウェンと過ごす自分に満足していた。しかし、幼馴染で巨大企業オズコープ社の御曹司であるハリーがNYに戻ってきたことで、ピーターの運命が予期せぬ方向に動きだす。オズコープ社はピーターを幼い頃から監視し続けていたのだ。ある日、オズコープ社の電気係のマックスが研究所内で起きた事故に巻き込まれエレクトロに変貌する。圧倒的な破壊力をもつ電流を発し、街中を破壊しまくるエレクトロを止めるために、戦いに挑むスパイダーマンだったが、、、史上最強の3敵、エレクトロ、グリーン・ゴブリン、ライノが、凶力なタッグを組みスパイダーマンに襲い掛かる!スパイダーマンを憎み、世界を憎むヤツら。なぜヤツらはスパイダーマンを、世界を、滅ぼそうとするのか?その真実は、スパイダーマン誕生の原因となったスーパースパイダー(蜘蛛)を開発したオズコープ社に隠されていた…。