夜の町の中、暗黒結社ゴルゴムの不気味な三神官に追われる南 光太郎は怒りとともに黒い改造人間に変身する。光太郎は自分の体の秘密を育ての父・秋月総一郎に聞こうとするが、総一郎はゴルゴムの放ったクモ怪人に殺されてしまう。再び変身した光太郎は仮面ライダーブラックと名乗り、怪人を倒す。光太郎は暗黒結社ゴルゴムを支配する創世王の後継者候補・世紀王ブラックサンとして、兄弟のように育った秋月信彦は世紀王シャドームーンとして共に改造されて生まれた戦士であり、記憶を消される前に脱出したのだった。やがて、ゴルゴム怪人や強敵・剣聖ビルゲニアと戦うブラックの前に、親友・秋月信彦が世紀王シャドームーンとして復活、ゴルゴムを率いて立ちはだかった。信彦との戦いを避ける光太郎だったが、遂に決戦の時は訪れ、創世王の罠にかかったブラックは敗れてしまう。しかし、自然を愛するクジラ怪人の命のエキスにより甦ったブラックはゴルゴム神殿に乗り込み、創世王とシャドームーンを倒したのだった。