プロフッェサー ギル率いる悪の秘密結社ダークは凶悪なアンドロイドを造り世界征服を企てていた。ダークに捕われアンドロイドの開発を強要されていた光明寺博士と娘のミツ子はダークの野望を打ち砕くため、密かに正義の人造人間ジロー(キカイダー)を製作するが、善悪を判断する〝良心回路〟を組み込む際、ギルに発見されてしまう。
ジローは光明寺博士とミツ子を連れてダーク基地を脱出するが、博士は行方不明となってしまった。ジロー、ミツ子、そしてミツ子の弟・マサルの博士を探す旅が始まった。
ダークはキカイダーの破壊と光明寺博士を取り戻す使命を帯びたダーク破壊部隊をジローたちに向かわせる。次々に襲い来るアンドロイドたちを迎え撃つキカイダー。だが、ギルの吹き鳴らす悪魔の笛の音は不完全な良心回路を狂わせ、ジローを苦しめる
一方、記憶喪失となりさまよい続ける光明寺博士はダークに捕われ、ギルに操られるままキカイダーを破壊するために開発された悪の戦士ハカイダーを完成させる。良心回路と相反する悪魔回路を内蔵したハカイダーには、悪魔のようなギルによって光明寺博士の脳が埋め込まれていた。
キカイダーを追いつめるハカイダー。 しかし、ハカイダーを倒せば光明寺博士の脳も死んでしまうため、キカイダーはまともに戦うことができない。ダーク破壊部隊とハカイダーに狙われたキカイダーは、戦いの中で遂に空中分解を起こしてしまう。宿敵キカイダーを倒すことだけが目的のハカイダーは自己の存在理由を失い、ギルを殺そうとする。