1986年。多くの星々で悪魔の生命改造を繰り返してきた改造実験帝国メスが地球へその魔の手を伸ばしてきた。だが、これを知った若者5人がフラッシュ星圏から地球へ戻ってきた。彼らこそ「フラッシュマン」である。自分たちを地球からさらい、親子の絆を引き裂いたメスが地球侵略を開始したことを知り、地球を守るために戦うことを決意したのだ。地球で家族を探す彼らは、20年前に子供を宇宙人にさらわれた時村博士一家と運命的な出会いを果たす。やがてメスに強敵サー・カウラーが加わる一方、5人もまた新型のメカのフラッシュタイタンを味方につけた。
だが、フラッシュ星で育った者は長期的には地球の環境に適応できず、「反フラッシュ現象」と呼ばれるショック現象を引き起こしてしまう。体調に異変を生じ、このまま地球に留まることは死を意味する事を知った彼らは、いっそう激しさを増すメスとの戦いだけでなく、残された時間とも戦わねばならなかった…。