天使と悪魔が手を取り合った聖魔和合から幾年もの時が過ぎ、悪魔たちは再び天使との戦いを始めた。天使軍は強力なメカを擁する新生悪魔軍に敗れ、指導者スーパーゼウスまでもが捕らわれてしまう。かろうじて逃れた天使たちは、お守りたちの住む天地球に潜んでレジスタンスになった。それから10年、悪魔軍の侵略の手はついに天地球にまで及んできた。首都・テラサピエンスは破壊され、不気味なバイオ悪魔の手に落ちてしまう。しかし、まだ希望の灯は消えていなかった。伝説の勇者アンドロココの超聖理力(セントフォース)を受け継ぐ少年・フェニックスが生き残っていたのだ。彼は謎の飛行物体メカタートルから、悪魔軍の目的が巨魔界神ザイクロイド・アノドの復活だと聞くと、封印の鍵を握る石版を求めて旅に出るのだった…。