悪の秘密結社ヒドラ、そしてインヒューマンズ(特殊能力者)との死闘の後、シールドのエージェントたちは、新たな任務を担っていた。海に落下して溶け出した未知の物質テリジェン― それがフィッシュオイルに含まれて世の中に出回ることで、世界中で次々とインヒューマンズが覚醒していたのだった。
インヒューマンズの登場で世界は混乱し始める…。スカイは父親に知らされた本名デイジーを名乗り、チームを結成するためにインヒューマンズの保護を試みるが、常に謎の武装集団に先を越されていた。彼らは何者なのか?そして更に、インヒューマンズを滅ぼそうとする勢力が現れる…。