関ヶ原の戦いより数年後、徳川家康の側近である天海僧正は、幕府存続の為に強大な忍者軍団を形成し、関東一円を支配しようとしていた。一方、関ヶ原の戦いで豊臣方に付いた忍びの子孫である彩芽(あやめ)、サツキ、楓(かえで)は、疫病による村の滅亡を食い止めようと、別藩に助けを求め奔走する。しかし、あらゆる場所に天海の追手が立ちふさがる。
彩芽は仲間である新兵衛たちと合流し、ついに天海の野望を知る――
「天海は大量の黄金を運ぶ為に、各地の忍びの村を襲い仲間を増やしている……」
新兵衛は、天海へ反逆する意志のある者を江戸で探すしかないと語るが、そのとき新兵衛の部下のひとりが何者かに殺されてしまった。
「この中に裏切り者がいる」――忍びたち全員がお互いを疑いあう、一触即発の状態となった。
天海の呪術を見抜くには、<血のわけあい>しかない。それは、呪術に毒された体に、他人の血が混ぜて判別する儀式だ。その場の全員が手首を切り、天海の奴隷忍者“アラズモノ”を見分けよう”とするが……!?